兴安盟档案史志馆内设7个科室,分别是办公室、党史编纂研究科、地方志编纂研究科、档案收集保管利用科、档案业务指导科、档案信息化科、党建人事科。

办公室：负责机关日常工作运转和综合协调，牵头拟订全盟档案史志工作规划、方案和政策规定，承担文电会务、机要保密、机关档案、财务管理、督促检查、后勤保障等工作，牵头开展档案史志法律、法规和相关政策宣传工作。
党史编纂研究科：负责新民主主义革命时期、社会主义革命和建设时期、改革开放以来的中国共产党兴安盟历史的资料征集、编纂和研究，编写上述时期的党史基本著作，开展党史专题研究。负责党史宣传教育工作，组织或配合开展党史重大事件和重要党史人物的庆祝活动，编辑出版党史刊物书籍，开展党史网络宣传等工作。负责旗县市地方党史业务指导工作。

地方志编纂研究科：承担《兴安盟志》和《兴安年鉴》编纂、出版、发行工作。组织、指导、规划、督促各旗县市地方志书编纂工作；指导旗县市蒙古文志书编译工作；组织地方志书评审、验收工作。组织、指导、督促、审核全盟地方综合年鉴编纂工作，指导专业年鉴编纂工作。组织、指导、督促兴安盟各部门（单位）志书编纂工作，并组织志书评审、验收工作。组织、指导开发利用地方志资源；承担盟情信息发布和地方志数据采集等工作；收集、保存、整理地方志文献和资料；组织整理旧志，开展地方志理论研究；积极创造条件，规划指导全盟方志馆规范化建设，承担兴安盟方志馆运维管理；承担全盟地方志系统人员培训和学术交流工作；承担地方志书、综合年鉴的冠名编纂许可和出版许可等行政审批事项的相关辅助性工作。

档案收集保管利用科：负责拟订并组织实施档案接收和征集计划；负责征集各时期、各方面及重大项目、重要事件人物的档案资料。承担馆藏档案资料的整理、鉴定、划控工作，负责涉密档案解密相关工作。承担馆藏档案资料和现行文件的保管、利用工作，负责档案库房安全管理工作，承担兴安盟行政公署信息公开查阅服务有关工作。负责档案科学研究，承担破损档案托裱修复工作。承担馆藏蒙古文等少数民族文字档案资料的整理、编目、鉴定、翻译、编研及开发利用工作，开展蒙古文等少数民族文字档案的征集接收工作；积极创造条件，管理蒙古文档案目录数据库。

档案业务指导科：负责起草档案工作相关地方性政策规定草案，审核档案工作规范性文件。承担档案行政执法、档案执法监督的相关行政辅助性工作，承担档案统计、展览、宣传工作。负责对全盟各级各类档案馆、盟本级机关、团体、事业位档案业务进行指导；承担企业、新经济组织和农牧业、农村牧区、民生等重要领域的档案业务指导工作；指导验收重点工程项目、重大科技成果档案；负责指导全盟蒙古文等少数民族文字档案工作业务。负责拟订工作范围内档案的制度和工作规范。承担档案人员专业教育培训，配合盟人社部门开展兴安盟档案专业技术职务评审相关工作。

档案信息化科：负责拟订并组织实施档案信息化规划承担馆藏档案数字化和数据库日常管理工作，为筹建兴安盟数字档案馆提供技术支撑。积极创造条件，开展电子档案的指导、接收、存储工作，开展馆藏档案异地异质备份的接收、移交和保管工作，启动缩微档案与多媒体档案的数字化以及重要档案缩微仿真复制工作。承担馆办公自动化和门户网站运行维护相关工作。

党建人事科：负责机关党群、纪检和人事工作。承担党务纪检、人事劳资、退休人员管理服务等工作。