清世祖顺治元年（公元1644年）

三月  明王朝灭亡，满蒙八旗兵入关。十月，清王朝定都北京。

同年  鄂尔多斯部济农向清王朝朝贡，清王朝选鄂尔多斯骑兵随英亲王阿济格赴陕西镇压李自成农民军。

清世祖顾治三年（公元1646年）

清王朝派盛京实胜寺喇嘛西布扎衮如克到库伦（今库伦旗），被授予盛京锡埒图库伦札萨克达喇嘛印，统领政教。至此，清代内蒙古地区出现了一个政教合一的札萨克喇嘛旗——锡埒图库伦札萨克喇嘛旗（辖境相当于今库伦旗东部地区）。库伦札萨克喇嘛旗曾一度隶属于卓索图盟。

□  清王朝编成乌珠穆沁左旗，俗称东乌珠穆沁旗（辖境相当于今东乌珠穆沁旗东部和西乌珠穆沁旗东北部地区），同时编成浩齐特左旗（辖境相当于今锡林浩特市东北部和东、西乌珠穆沁旗西部各一部分地区）。二旗均为札萨克旗。

□  苏尼特部腾机思在喀尔喀汗王的策动下，举兵反清。清王朝令豫亲王多铎率兵出击，击溃腾机思兵，继而又击败往援的喀尔喀5万联军，腾机思北遁喀尔喀。

清世祖顺治五年（公元1648年）

清王朝对蒙古盟旗王公贵族制定了朝觐制度，准于其年节朝见。

□  清王朝编成郭尔罗斯后旗（辖境相当于今黑龙江省肇东、肇州、肇源三县地区）、杜尔伯特旗（辖境相当于今黑龙江省杜尔伯特蒙古族自治县、大庆市、安达县、林甸县和泰来县的一小部分地区）、扎赉特旗（辖境相当于今扎赉特旗、吉林省大安县、镇赉以及黑龙江省泰来县等旗县的部分地区）。三旗均为札萨克旗。

□  清王朝将扎鲁特所部编为扎鲁特左旗（辖境相当于今霍林郭勒市、扎鲁特旗东半部及开鲁县东北部地区）、扎鲁特右旗（辖境相当于今扎鲁特旗西部及开鲁县西部大部分地区）；同时编巴林所部为巴林左旗和巴林右旗（二旗辖境相当于今巴林左、右二旗和林西县等地区）。四旗均为札萨克旗。

□  清王朝将乌喇特所部编为乌喇特后旗、乌喇特中旗，乌喇特前旗，俗称东公旗、中公旗、西公旗。三旗均为札萨克旗，同在一处游牧，没有明显界限（三旗辖境相当于今乌拉特中、前、后三旗和五原，固阳、临河三县（市）以及杭锦后旗各一部分地区）。

清世祖顺治六年（公元1649年）

清王朝将鄂尔多斯所部编为鄂尔多斯左翼中旗，俗称郡王旗（辖境相当于今伊金霍洛旗和东胜市的大部、杭锦旗和达拉特旗一部，以及陕西省神木县长城以北地区）；鄂尔多斯左翼前旗，俗称准格尔旗（辖有今准格尔旗等地区），鄂尔多斯右翼前旗，俗称乌审旗（辖境相当于今乌审旗的全部和陕西省榆林、横山、靖边三县长城以北地区及伊金霍洛旗一小部分地帜鲜明区）；鄂尔多斯右翼后旗，俗称杭锦旗（辖境相当于今杭锦旗北部、临河县大部、五原县和杭锦后旗各一部分地区）。四开得胜旗均为札萨克旗。

□  同年至清圣祖康熙六年（公元1667年），达斡尔各部相继南迁嫩江流域，由清王朝编为都博浅、莫日登、讷莫尔3个扎兰，由理藩院管辖。

□  同年至清高宗乾隆元年（公元1736年），清王朝把所编鄂尔多斯左翼中旗、鄂尔多斯左翼前旗、鄂尔多斯左翼后旗、鄂尔多斯右翼前旗、鄂尔多斯右翼后旗、鄂尔多斯右翼中旗、鄂尔多斯右翼前末旗等七个札萨克旗，会盟于鄂尔多斯左翼中旗的伊克昭（今达拉特旗王爱召），称为伊克昭盟（辖境相当于今伊克昭盟全部地区、乌海市、临河市、五原县及杭锦后旗，乌拉特前旗的一部分、山西省偏关、河曲、宁夏回族自治区陶乐、盐池等县的部分地区、陕西省榆林、神木、横山、靖边、府谷等县长城以北地区）。

清世祖顺治七年（公元1650年）

正月  沙皇俄国哈巴罗夫侵略军入侵黑龙江地区，遭到索伦各部反击和抵抗。

同年  清王朝编成科尔沁左翼后旗（辖境相当于今科尔沁左翼后旗的大部分、通辽市的一部分、辽宁省昌图县的全部和康平县的一部、吉林省双辽县的一小部分地区）。科尔沁左翼后旗为札萨克旗。

□  清王朝编成鄂尔多斯左翼后旗，俗称达拉特旗（辖境相当于今达拉特旗壕庆河以西地区、东胜市的一部分，五原县、临河市、乌拉特前旗等部分地区及包头市南部地区），鄂尔多斯右翼中旗（辖境相当于今鄂托克旗和鄂托克前旗的全部、乌海市海勃湾区和海南区、陕西靖边、定边二县和宁夏回族自治区盐池县长城以北地区、陶乐县黄河以东地区）。二旗均为札萨克旗。

清世祖顺治八年（公元1651年）

清王朝编成阿巴噶左旗（辖境相当于今阿巴嘎旗东北部和锡林浩特市西部地区）。阿巴噶左旗为札萨克旗。

清世祖顺治九年（公元1652年）

清王朝将克什克腾部编为克什克腾旗（辖境相当于今克什克腾旗全部和林西县西部地区）。克什克腾旗为札萨克旗。

清世祖颐治十年（公元1653年）

清王朝编成浩齐特右旗（辖境相当于今锡林河下游地区）。浩齐特右旗为札萨克旗。

□  清王朝编成喀尔喀右翼旗，亦称达尔罕旗（辖境相当于今达尔罕茂明安联合旗东部和武川县一部分地区）。喀尔喀右翼旗为札萨克旗。

清世祖顺治十一年（公元1654年）

同年至清世祖顺治十七年（公元1660年），达斡尔、鄂温克、鄂伦春各族人民配合清军在库玛尔河口、松花江口、古法坛等地，歼灭沙俄入侵者斯捷潘诺夫部。

清世祖顺治十七年（公元1660年）

清王朝定八旗官职汉称：固山额真称都统，梅勒章京称副都统，甲喇章京称参领，牛录章京称佐领，昂邦章京称总管。

□  巴林右旗固伦淑慧公主聚资在西拉木伦河上兴修“巴林桥”。

□  同年前后，清王朝将黑龙江以北索伦各部（包括鄂温克、鄂伦春、达斡尔等民族）南迁至今呼伦贝尔及黑龙江省西部一带，归黑龙江将军（公元1683年设）统辖，又分归逐步设立的齐齐哈尔、墨尔根副都统和呼伦贝尔、布特哈总管分别管辖。

清世祖顺治十八年（公元1661年）

三月  清王朝对“外蕃世职”俱给俸禄，制定了世俸制度，分为九等。最高者年俸银1 500两、缎40匹；最低者为年俸银100两、缎4匹。由理藩院会同户部发放。

清圣祖康熙元年（公元1662年）

鄂尔多斯部萨冈彻辰著《蒙古源流》成书。

□  清圣祖康熙年间，归化城大召前玉泉井旁，出现了一个悬壶行医卖药的小药铺——同泰永。这是由河北人在内蒙古西部地区开办的第一个中药铺。

清圣祖康熙三年（公元1664年）

清王朝将内札萨克蒙古和外札萨克蒙古以戈壁为界，划为内蒙古与外蒙古。

□  清王朝编成喀尔喀左旗（辖境相当于今奈曼旗和库伦旗的部分地区）。喀尔喀左旗为札萨克旗，属昭乌达盟。

□  清王朝编成茂明安旗（辖境相当于今达尔罕茂明安联合旗西部、包头市白云鄂博矿区及固阳县的部分地区）。茂明安旗为札萨克旗，属乌兰察布盟。

清圣祖康熙四年（公元1665年）

清王朝编成阿巴哈纳尔左旗（辖境初为今锡林浩特市北部，清末位置相当于今锡林浩特市东部和东乌珠穆沁旗西部的一小部分地区）。阿巴哈纳尔左旗为札萨克旗，属锡林郭勒盟。

清圣祖康熙六年（公元1667年）

七月二十一日  清王朝决定将未编佐领的1 100名达斡尔人照例编为11个佐领，设置头领管辖。

同年  清王朝编成阿巴哈纳尔右旗（辖境相当于今阿巴嘎旗东部的狭长地带）。阿巴哈纳尔右旗为札萨克旗，属锡林郭勒盟。

清圣祖康熙九年（公元1670年）

同年至清圣祖康熙二十年（公元1681年），清王朝修建新边柳条边（由壕、堤、柳组成的边墙），自威远堡（今辽宁省开原县东北），经科尔沁左翼中旗、郭尔罗斯前，后二旗，到法得哈门与松花江相连，全长690里。边墙东南是满洲人居地，西北为蒙古游牧地，是吉林与内蒙古的分界线。

清圣祖康熙十年（公元1671年）

正月  苏尼特二旗及四子部落旗因青草不生，又兼大雪，羊牛马匹倒毙殆尽。清王朝动用宜府、归化城仓粮赈济。

清圣祖康熙十四年（公元1675年）

五月  察哈尔布尔尼亲王反清失败。清王朝废其世袭爵位，将其部众迁到大同、宣化边外，按满洲八旗建制，编为左、右两翼。左翼四旗为镶黄旗（旗地相当于今镶黄旗全部、化德县、商都县和河北省康保、尚义二县的一部分地区）、正白旗（旗地相当于今正镶白旗西南部、太仆寺旗北部、河北省康保县部分地区）、镶白旗（旗地相当于今正镶白旗东北地区）、正蓝旗（旗地相当于今正蓝旗北部地区）；右翼四旗为正黄旗（旗地相当于今兴和县，察哈尔右翼前旗大部分及察哈尔右翼后旗东部和商都县部分地区）、正红旗（旗地相当于今集宁市、察哈尔右翼前、后二旗西部、卓资县东北部和奉镇市西部地区）、镶红旗（旗地相当于今察哈尔右翼中旗东南部、卓资县东部、凉城县大部、丰镇市西部的一小部分地区），镶蓝旗（旗地相当于今察哈尔右翼中旗西部及北部、卓资县大部和凉城县西部、武川县一部地区），由在京蒙古都统兼辖。

同年  盘踞在雅克萨的沙俄军300余人，在切尔尼柯夫斯基带领下，窜至甘河地区（今呼伦贝尔盟境内），妄图裹胁当地的达斡尔部落叛清投俄。达斡尔人趁其不备，连夜撤到嫩江流域。

清圣祖康熙十六年（公元1677年）

清王朝改阿敦（阿敦为满语，意为马群）衙门为上驷院，专管宫廷御用驼马。其所属的驼马厂均由察哈尔上三旗牧放，称作镶黄、正黄、正白三旗官驼马群厂。其中，察哈尔地区有两处；一处上都河（今闪电河），另一处达布逊诺尔（今商都、化德，河北省张北和康保等县交界地带），合称上都达布逊牧厂。