内蒙古是多宗教的民族地区，有佛教（藏传佛教、汉传佛教）、道教、伊斯兰教、天主教、基督教、东正教六种宗教。据最新年度年检统计，全区现有依法正式登记的宗教活动场所共805处。其中藏传佛教（喇嘛教）116处，汉佛教45处，道教2处，伊斯兰教177处，天主教159处，基督教306处。有信教群众90余万人，占全区总人口的3.7%，有教职人员4 945人。全区自治区级爱国宗教团体有6个，即自治区佛教协会，伊斯兰教协会，天主教爱国会、天主教教务委员会，基督教"三自"爱国运动委员会、基督教协会。盟市旗县有宗教团体50多个。自治区还有宗教院校（班）3所，即自治区佛教学校、自治区天主教神哲学院、自治区基督教义工培训班。目前自治区宗教界爱国人士中，有全国政协委员2人。自治区政协委员10人，其中政协副主席1人，常委3人，自治区人大常委会委员1人、代表3人。盟市、旗县（区）的人大代表和政协委员共有400多人。
   【藏传佛教】俗称“喇嘛教”，是中国佛教的一支，主要流传于藏、蒙古、土、裕固等民族居住地区。它是在公元7世纪时，由印度传入的密教与汉地传入的大乘佛教，以及藏族地区的原始宗教—“苯教”相互影响、相互结合而形成的。早期主要有宁玛派（俗称红教）、萨迦派（俗称花教）、噶举派（俗称白教）等。15世纪初，宗喀巴实行宗教改革，创立了格鲁派(俗称黄教)。在清政府的扶持下，格鲁派从17世纪中叶执掌西藏的政教大权。由于西藏地方政权实现了对全西藏地区的有效控制，格鲁派对各教派统治地位的确立，再也没有新的教派出现。顺治年间，清政府正式册封宗喀巴再传弟子达赖和班禅喇嘛。此后，达赖和班禅采取转世相承“金瓶掣签”的办法，且须党中央政府册封，成为定制。
    藏传佛教从13世纪后期，在元世祖忽必烈的扶持下，开始传入蒙古地区。但是，由于各方面条件限制，元朝统治时期，喇嘛教一直是以宫廷贵族信仰为主的宗教，元朝统治者崇奉喇嘛教，授予许多特权，抬举上层喇嘛，有的被封为帝师、国师，成为封建贵族阶级的一部分。但由于未在广大蒙古族群众中间未扎下根基，因而随着元朝政权统治的瓦解而逐渐消失。16世纪后期，在阿拉坦汗的倡导和扶持下，喇嘛教在蒙古地区广泛传播和发展起来。阿拉坦汗的势力伸展到青海以后，他也仿照忽必烈的做法企图利用喇嘛教维护其统治，同第三世达赖喇嘛取得联系，使喇嘛教得以广泛传播，为以后的更大发展奠定了基础。从17世纪中期起，在清朝统治者和蒙古封建贵族的扶持下，喇嘛教在蒙古地区发展到鼎盛时期。经过200余年的传播和发展，其影响遍及整个蒙古社会的政治、经济、文化和思想领域，对蒙古社会的发展产生了重大影响，成为蒙古民族全民信仰的宗教。特别是清朝统治阶级征服蒙古地区以后，为了用喇嘛教麻醉和控制蒙古族人民群众，采取了全面保护、利用、奖励喇嘛教和“以政护教”，“以教固政”的政策，使喇嘛人数急剧增加，寺庙星罗棋布，形成“喇嘛众多、寺庙林立”的局面。至中华人民共和国成立前，内蒙古有近千座寺庙，5万多名喇嘛。
    喇嘛教的广泛传播，不仅代替了内蒙古地区原有的萨满教，而且在政治、经济、思想、文化等多方面较大地影响了蒙古族群众。中华人民共和国成立前喇嘛教的势力很大，成为封建贵族阶级统治人民群众的重要工具。特别是清朝统治时期，在政治上，赋予喇嘛教寺庙许多封建特权，上层喇嘛与王公贵族结合在一起，统治压迫劳动人民；在经济上，寺庙一般都有庙仓，占有大量牲畜、大片草场和耕地。对被它管辖的"阿拉巴特"(属民)和贫苦农牧民进行超经济剥削。蒙古族人民的生产、生活和生老病死等各方面都受喇嘛的支配和约束，严重妨碍了蒙古民族人口的兴旺与经济、文化的发展。因此，喇嘛教在历史上，特别是清朝统治时期对蒙古族和社会的发展起了很大的消极作用。与此同时随着喇嘛教的传入，也进一步打开了蒙、藏民族之间的文化交流。特别是堪称百科全书的《甘珠尔》、《丹珠尔》经卷的释译，客观上促进了蒙古民族的哲学、文学和蒙医学的发展。此外，对清朝利用在蒙古地区发展藏传佛教以加强对藏区的军事威慑和政治笼络，对巩固党中央政权、维护中华人民共和国统一起到了一定的积极作用。
    内蒙古自治区人民政府成立后，藏传佛教在新的社会历史条件下发生了新的变化。在民主改革、废除寺庙封建地租剥削、废除等级制度和压迫制度、实行民主管理过程中，自治区党委和政府正确执行了一系列党的民族、宗教政策，既使广大群众在政治、经济上摆脱了喇嘛教的控制和束缚，又未伤害信教群众的宗教感情；既保证了喇嘛和信教群众的宗教信仰自由，又调动了喇嘛参加社会主义革命和建设的积极性；既改造了喇嘛，又制止了来自喇嘛教方面的非法违法活动。1951年3月、1953年6月、1955年11月份别召开了三次全区喇嘛教代表会议，确立了自治区喇嘛教走社会主义道路的正确方向。1957年4月17日，中国佛教协会内蒙古分会在呼和浩特市正式成立。社会主义革命和建设时期，我区社会经济制度的深刻变革和经济、文化事业的大发展，以及我们对喇嘛教的有效工作，使内蒙古喇嘛教的状况发生了根本变化。
   “文革”时期，由于受“极左”思潮的影响，自治区喇嘛教工作陷入停滞状态。喇嘛寺庙也蒙受了巨大损失。
    党的十一届三中全会以来，全面正确地开展了宗教信仰自由政策的贯彻落实工作：1.对自治区宗教界人士在历次运动中的冤假错案进行了复查。平反了全部冤假错案。2.恢复和建立了爱国宗教团体。1981年,恢复了中国佛教协会内蒙古分会，各盟市和一些重点旗县也恢复和建立了宗教团体。3.落实了宗教团体房产政策。4.恢复和合理布局了宗教活动场所。国家先后拨款对全区一批重点寺庙进行了不同程度的修缮。5.解决了失去劳动能力的老年喇嘛生活问题。1981年，内蒙古自治区党委、政府决定，对全区3 800多名年老体弱、无依无靠失去劳动能力的喇嘛，由国家养起来，每人每月发给一定数目的生活费。自治区、盟市、旗县财政每年下拨专项资金，专门用于老喇嘛生活补助。
   【基督教】（在西方称为新教）是与天主教、东正教并列的基督教三大派别之一。是在16世纪宗教改革中脱离天主教而形成的各个新宗派，以及从这些宗派中不断分化出来的众多宗派的统称。与天主教相比，基督教传入中国要晚得多。第一个来华传教的是英国传教士马礼逊，时间是清仁宗嘉庆十二年（1807）。马礼逊完成了两项重要翻译和编纂工作，即汉文基督教经典《圣经》和《华英字典》。之后，英、美、法、俄、德陆续派遣传教士来华。他们除从事收集情报外，还进行出版书刊、开设医局、创办学校等活动，为在中国大规模传教做准备。与天主教一样，基督教是在鸦片战争后真正大规模传入中国，借助一系列不平等条约深入中国内地，扩展其传教事业。《南京条约》等签订后，英国伦敦会、圣公会，安息浸礼会、循道会；美国公理会、浸礼会、长老会等纷纷派遣传教士到中国南方5个通商口岸活动。《天津条约》、《北京条约》签订后，英国圣公会等地对华传教触角伸到北京，并派遣传教士到河北、河南、山西、陕西、山东、甘肃等地。之后，各国传教士在"利益均沾"的口号下，相继到中国各地包括到内蒙古进行传教。据不完全统计，到19世纪末，分布在中国各地的基督教差会达80个，其中较有影响的有信义会、长老会、圣公会、伦敦会、公理会、浸礼会、美以美会、监理会、卫理会、内地会、救世军等。在内蒙古地区的差会有10多个。
    新中国成立后，为中国基督教走上全新道路提供了历史性的机会。20世纪50年代初，以吴耀宗先生为首的几十位中国基督教领袖发表宣言，号召广大的基督教徒适应社会政治经济制度的伟大变革，在党和政府的领导下，开展反帝爱国运动，肃清基督教内的帝国主义影响，实现中国基督教人的自治、自养、自传。这一宣言得到了中国政府的大力支持，也得到了广大基督教徒包括内蒙古教徒的热烈响应。1954年成立了中国基督教三自爱国运动委员会，1980年中国基督教协会宣告成立。内蒙古在80年代成立了自治区级的基督教三自爱国运动委员会和基督教协会。自治区中华人民共和国成立前有基督信徒10 561人，教堂45座，教牧人员176人。现有基督教信徒14.37万人，慕道友1.87万人，牧师11人， 副牧师23人，长老97人，传道员403人，正式登记教堂、活动点306个。
   【道教】被称为中国的“本土宗教”。源于古代的巫术、秦汉时的神仙方术，黄老道是早期道教的前身。东汉顺帝时，张陵入四川，创五斗米道，又名天师道，把老子奉为教主，奉《老子五千文》(即《道德经》)为主要经典，标志着道教的初步形成。道教的发展经历了从形成、昌盛到衰微的过程唐送宋时期曾达到鼎盛。进入清代以后，由于道教自身的原因，也由于统治者不再大力支持，道教逐渐衰落。
    中华人民共和国成立前，在内蒙古地区有名的道观约有十几处，其中呼和浩特市太清宫于1931年兴建而成。中华人民共和国成立后，道教的宗教活动和信教群众逐渐减少。目前，自治区只有呼和浩特市有道教活动，现有太清宫和慧云观两处活动场所，有道士6人，有信教群众500余人。
    内蒙古的伊斯兰教传入最早可追溯到元朝，由于自治区地域辽阔，伊斯兰教传入的准确时间各盟市略有不同，从目前的有关资料看，元朝的统治者对伊斯兰教上层较重视，在内蒙古有一定发展，明末、清初出现过一批伊斯兰教学者，经堂教育也开始兴起，并得到发展，十五世纪末几乎扩及全区各地，在多伦、丰镇、归绥（今呼和浩特）、包头等地兴建了不少清真寺。从信教程度和分布特点看，自治区属穆斯林散居区，穆斯林群众分布成大分散、小集中的特点。自治区信仰伊斯兰教的主要是回族，目前全区的回族人口为21万余人，（由于历史原因，阿拉善盟阿左旗有千余名蒙古族群众信仰伊斯兰教）中华人民共和国成立初期全区有清真寺80余座，阿訇280多名，目前全区有正式登记的清真寺177座，阿訇366名。其中呼和浩特市有清真寺17座，包头市有12座，乌海市有12座，赤峰市有26座，通辽市有11座，鄂尔多斯市有1座，呼伦贝尔市有27座，兴安盟有2座，锡林郭勒盟9座，乌兰察布市16座，巴彦淖尔市32座，阿拉善盟12座。
    内蒙古伊斯兰教协会成立于1982年，1982年12月召开了第一次代表会议，选举金德海为会长，曹梦麟、李文选、白凤鸣为副会长，白凤鸣兼秘书长。1988年6月召开了第二次代表会议，选举金德海为会长，曹梦麟、白凤鸣、李宝亭为副会长，刘世业为秘书长。1994年9月召开了第三次代表会议，选举曹梦麟为会长，白凤鸣、刘世业、白子美、李喜明、李宝亭、景锡恩为副会长，刘世业兼秘书长。2000年9月召开第四次代表会议，选举景锡恩为会长，满贵、白凤鸣、王瑞森、石明灯、马子瑞、白志光、张顺为副会长，满贵兼秘书长。此外，呼和浩特市、包头市、赤峰市、乌海市、呼伦贝尔市、乌兰察布市、巴彦淖尔盟及6个旗县成立了伊协组织。
   【东正教】全区信仰东正教的群众全部集中在呼伦贝尔市，其中俄罗斯族人口有4 050人，绝大多数集中在额尔古纳市。额尔古纳市隔额尔古纳河与俄罗斯相望，边境线长667公里，面积2.8万平方公里，有黑山头、室韦两个国家一类口岸，全市人口8.9万人。
    据原统计，呼伦贝尔市俄罗斯族东正教信教群众2 400人，除零散分布在个别旗市外，主要集中在额尔古纳市。据额尔古纳市最新统计，该市现有俄罗斯族3 245人，信仰东正教群众1 970人，有逐年减少的趋势。主要分布在黑山头镇、室韦俄罗斯族民族乡、三河回族乡和新城街道办事处。
    呼伦贝尔市额尔古纳市东正教无神职人员。大型的宗教节日有“圣诞节”、“巴斯克节”等。